我国现行企业所得税优惠政策和制度存在着较大的矛盾问题，主要是：

    　1.税收优惠多、乱、滥。内外资企业所得税的优惠政策措施，遍及税率、减免税、应税所得计算扣除等各个方面，范围广、种类多，且变动繁、金额大、透明度少。每年各类、各项减免税实际金融究竟有多少，很难统计，各类、各项减免税取得何种实际效益更难测算。这不但导致税负不公，也影响财政收入，不适应市场经济运行机制的要求。

   　 2.税收优惠的方向、目标不够适应经济结构调整、科技进步和社会经济发展目标的要求。现行对内资企业的所得税优惠，是侧重在社会福利、劳动就业、环境保护、校办企业、劳务服务和“老、少、边、穷”地区以及遭受自然灾害等方面，多系照顾扶助性质，属于产业激励方面的优惠较少。外资经营企业所得税优惠，则是在普遍优惠的基础上，把优惠的重点放在特定不同地区的投资。虽然也结合实施了产业优惠，但却未能较好地区别不同类别的产业、规模、风险，进行区别对待，以致境外一些低品位的中小企业乘机涌入，许多都是规模小、技术含量少、污染大，投资期短的劳动密集型项目、服务性项目。

    　3.内外资企业税收优惠差别大。外资经营企业是实施普遍优惠，优惠的范围广，种类多，期限长，力度大；而对比内资企业则是差距很大。现对外资经营企业优惠的金额，约为已征税款的两倍，而内资企业的前项比例，只约为50％，两者差距达4倍之多，影响了内资企业在市场经济中的公平竞争。

   　 4.现行税收优惠不适应WTO规则，要采取“遵循与利用相结合”的原则要求。一方面，对外资经营企业实施高于内资企业的税收优惠，虽并未违背WTO规则，但现行有些项目，还是涉嫌有违WTO规则的，例如涉外税法细则规定，外商投资出口企业依法减税期满后，凡当年出口产品值达到企业产品值70％以上的，按法定税率减半征收所得税。这属于WTO规则明确列举的以出口业绩为条件的禁止性所得税减免补贴；另外，中国进出口银行和中保财险公司的出口信用保险业务，实施“先征后返”的所得税优惠，是一种专向性补贴，对其他企业包括外资经营企业在内都不适用，这是不公平待遇，也与WTO规则要求不符。再一个是WTO规则有关条款，准许在税收上支持农业、科研技术活动、中小企业、贫困地区、社会失业救济、医疗卫生等，而我们则尚未充分利用这类有关规定，来促进我国社会经济发展。

    针对以上矛盾，调整完善企业所得税优惠政策的原则主要是：1.坚持产业政策为主，区域、外资政策为辅，并有机结合的税收优惠政策原则，对产业政策鼓励发展的高新技术产业，农业、林业、牧业，能源、交通、通讯、水利等基础产业和基础设施，国家比较优势产业、幼稚产业、环保产业，某些第三产业和资源综合利用项目，以及国家政策鼓励的其他产业，区别不同情况，给以不同层次和形式的税收优惠。区域优惠主要是贯彻西部大开发战略决策，对西部地区，除享受全国同样的产业税收优惠政策外，对在该有关地区内需要鼓励发展的，还应给予更多一些税收优惠，并要授予省级政府一定的机动处置权。外资经营企业税收优惠，是在与内资企业同等产业优惠的基础上，只对中国特别需要的外资项目，另外再给一些有限度的税收优惠。这就是只对符合法定的产业优惠条件，外商投资额大、技术先进、投资回收期长的外商投资企业，经营期在10年以上的，可在一般优惠的基础上，再适当放宽一些优惠，以利于吸引先进工业国家的长期大额投资和高新技术，优化经济结构。

    　2.依据前述原则，要对现行两税优惠政策措施，进行全面清理整顿，大刀阔斧地取消一切不合时宜的优惠项目和规定，并明文公布。对取消优惠后存在困难而又必须扶植的社会福利等企事业，改为财政拨款形式，效果似可更好一些。东部沿海地区已逐渐富裕起来，原有分地区的税收优惠，要改为转向产业导向、生态平衡和集约化经营等项目开发为重点的税收优惠。现行外商投资经营企业不符合新税法政策原则的优惠都要取消，为保持政策的连续性、稳定性，避免震动过大，对新税法颁布前成立的外资经营企业，过去已承诺的减免税优惠，可规定一个过渡期，对其税负超过原有负担的部分，采取“先征后返”的办法进行过渡。外商是否投资，决定于一国政治、经济、资源、交通、信息等多方面的投资环境因素，税收只是其中排名较后的一个因素，取消过多的不合理税收优惠，而对中国产业政策急需的投资项目，仍给予某些高于内资企业的税收优惠待遇，在加入WTO、外资大量涌入的形势下，是不会造成消极影响的。3.借鉴国际通行做法，要把现行基本上是直接减免税优惠方式，逐渐改为加速折旧、投资抵免、专项扣抵、税前扣除等间接优惠方式。其中加速折旧的优惠方式，要特别重视运用，它有利于有针对性地促进技术进步创新、更新技术设备产业升级换代；而且从长期来看，它只是一定期间内的延缓收税，而不会减少税收收入。OECD(经济合作与发展组织)在2002年3月公布了一份有关中国经济发展的综合报告，为中国税制改革完善，提出五条建议，其中第一条就是：“引进任何新的税收鼓励措施都要谨慎，多用加速折旧法代替减免法”。

    　4.严格实行税收优惠的总量控制和效益控制。税收优惠实际是一种特殊的财政支出方式，必须把税收优惠金额控制在一个适当限度内，在这个限度内确定实施优惠的项目和金额，以利于国家的宏观调控。要着重考察和发挥税收优惠的投入产出效应，对税收优惠要附加必要的制约条件，特别是可以借鉴经济发达国家的成功经验，采取“税式支出”制度，便利国家通过财政预算，更好地核算和控制税收优惠导致的税款损失，并评价由此而取得的经济效益和社会效益，以利于促进经济的持续、稳定、健康发展。

    　5.单独制定公布统一的税收优惠法规，定期调整。鉴于国家的产业政策和有关政策，要随着形势发展而不断调整，并且税收如何贯彻有关政策、实施优惠，需要明确具体，而税收法律具有较长期间的稳定性，不宜频繁修改。借鉴世界许多国家的做法，宜于在法人所得税法中，只明确规定优惠的目标、原则，简要列举几项要优惠的方面，具体优惠办法，授权由国务院制定单独的行政法规，以利于适应形势发展，灵活处理，不断调整。