当然，刚起步的时候，杨元庆仍然面对诸多困难。2000年，联想个人电脑增长率超过50%，在中国市场的占有率保持在30%以上，并推出了第二代互联网电脑，如天禧Ⅱ、奔月2800和天玑5000等等，这一切让柳传志和杨元庆都很高兴，但杨元庆还是有危机感，因为他了解联想的硬伤在哪里，联想没有自己的核心技术，很难在国际市场上具有竞争力。

　　2001年，联想产品的销售没有达到预期的目标。2003年5月，联想公布了2002到2003财年的业绩，联想的营业额止步于200亿港元。也是在这一年，新进入中国市场的戴尔以惊人的增长速度抢走了联想的市场空间，而戴尔产品的毛利率比联想高50%以上，对联想造成了严重的威胁。

　　面对困境，杨元庆领导联想努力改变以往“贸工技”的发展路数，转型为技术驱动型的企业。2001年，联想进行了新的研发体系的构建和完善了公司管理，并展开了前瞻性的研发工作。当时联想建立了以事业部为基础的二级研发体系，并且将研发队伍扩展到了上千人的规模。

　　另一个转型是由产品型企业向服务型企业转型。杨元庆强调，“服务客户应该像融入到血液里的血红蛋白一样。”杨元庆领导联想实现了由产品导向到客户导向的转变，服务客户被归入联想的核心文化。使联想在售前（咨询、方案准备）、售中（实施、应用开发）、售后（运营维护、关怀服务）方面建立起了全方位的服务体系，使客户服务成为联想的核心竞争力。

　　杨元庆通过战略转型，度过了自己掌舵联想之后最困难的时期，也提升了联想产品和品牌的竞争力。2003年，柳传志在一次公开场合评价杨元庆时说，“联想集团在杨元庆的带领下，一是充分展示了毛巾拧水的本领，提高了运作效率，降低了成本，二是显示了产品研发的威力，连续开发出适应中国市场的产品，从而提高了毛利率。此外需要特别说明的是，目前他们正在以精益求精的态度对待当前的盈利业务，并且正在积极寻找公司新的增长点。”

　　柳传志和杨元庆可以说是亦师亦父的关系。柳传志不但将杨元庆扶上马，而且还要送上一程。2004年下半年，国内外媒体对杨元庆的能力产生了质疑，有一段时间，关于“联想市场份额下降”、“联想可能换帅”等消息不绝于耳，直接影响了联想的股价。杨元庆面临巨大的压力。

　　这时候，站出来为杨元庆解围的还是柳传志。柳传志不但出面澄清了“联想可能换帅”的传闻，而且指出在外部大环境比较恶劣的情况下，一年来联想业绩还是取得了不俗的增长。再次稳定了军心。

　　柳传志一直是杨元庆学习的榜样，杨元庆也承认这一点，所以当有人让杨元庆评价柳传志时，杨元庆不吝赞美之辞：“柳总最大的贡献在于，他摸索出了中国在计划经济向市场经济转轨过程中，民营高科技企业的发展之路。在政治体制还没有完全明确的情况下，他不等不怨，抓住了机遇。在外国品牌立足未稳的时候，在同行等着解决体制和产权问题的时候，联想已经取得了成功。在中国市场经济的启蒙阶段，柳总是最成功的企业家。”

　　正因为学习柳传志，所以杨元庆也想成为一个创业者，而不是一个守成者。杨元庆在一次论坛上发表讲话时指出，“我不仅仅是一个职业经理人，我也是一个创业者。”