已是清华大学科技创业者协会会长的倪正东在向团中央汇报后，便开始着手筹划首届“挑战杯”大学生创业计划竞赛。
1999年2月，“挑战杯”在清华大学拉开帷幕，全国120多所高校参赛，共拿出400件作品。那次比赛不仅在全国高校中掀起了一轮创业热潮，还孕育出一批高科技公司，如易得方舟、视美乐等。与一般大学创业计划大赛的“纸上谈兵”不同，第一届“挑战杯”开创了中国大学生创业同风险投资相结合的先例——视美乐得到上海第一百货股份有限公司5250万元的风险投资。
此时，出国求学不再是倪正东的理想，风险投资的魅力已深深吸引了他。连续组织了两届校园创业大赛，倪正东决定亲自尝一尝创业的滋味。
1999年，倪正东和4名清华校友共同创办了北京清科信息咨询有限公司，目标是做“具有影响力的创业投资增值服务机构”，为创业者和投资人提供相关服务。
然而这家年轻的公司在成立伊始就面临着一次巨大的考验。2000年，随着互联网泡沫的破裂，风险投资公司开始对自己的一举一动小心翼翼，那些年轻的高科技公司也不知道该从哪里寻求帮助。
中国互联网资深人士方兴东曾这样描述，“短短一年内，中国互联网就从狂热到冰冷，从热捧到抨击，从掌声到唾骂，从得意到失意，走完了两个极端之间的全部历程。”在这样的大背景下，清科的几个创始人相继离开，只留下倪正东一个CEO坚持到了最后。
不过倪正东觉得，值得庆幸的也是他的坚持，而每当有创始人离开，倪正东就会把对方手里的股份购买过来。倪正东回忆，公司最惨的时候，算上他一共只有3个人。当清科一度面临资金危机，快要发不出工资时，倪正东的哥哥借给他3万元，才使得清科顺利度过了那段艰难时期。
倪正东始终认为，自己当初能早于他人接触风险投资并从事与之相关的工作是非常幸运的，而他后来的坚持也是正确的。对于当时的市场形势，倪正东的判断是：中国未来要发展新经济，会有更多的企业家出现，而所有这些都离不开风险投资。创业投资已经在美国、欧洲等发达国家和地区被证明是成功的，因此未来在中国也将大有作为。
后来的事实证明，倪正东的推论是正确的，当初的“一步先”也让清科在其所处的行业中一直保持着领先的地位。
2000年下半年，清科成立了研究部，2001年推出了中国第一份创业投资报告，并在业内获得了好评。直到现在，创投行业依然在广泛引用清科每月推出的数据报告。
从2001年开始，清科每年都会召集风险投资业内人士举办创投年会。尽管2001年整个互联网行业处于低潮之中，但依然有180多人报名参会，国内几乎所有的VC都出席了那次会议。
倪正东还记得那是寒冷冬日里的一天，大家共聚一堂畅议中国风险投资的未来，也正是那次会议为清科带来了良好的口碑以及深厚的人脉。清科与众多VC以及寻找出路的企业家共同度过了最艰难的一段时光，倪正东说，“现在我们和他们中的很多人仍然保持着很好的联系。”而直到今天，会展也依然是清科的重要业务之一。
除了数据报告和会展服务两项业务，2006年，清科还成立了一支创业投资基金——“清科创投”，这使得清科服务商的角色也发生了一些变化，由专一的中介变成了中介与直接投资商双重角色。
