1978年，段永基和这个国家一起走到了命运的转折点。这一年，32岁的段永基考上了北京航空航天大学的研究生。考上北航研究生,对于他的意义不仅仅是“补课”，更意味着段永基重新获得了一个稳定的“铁饭碗”。毕业之后段永基被分配到了航天部621所，并很快被提拔为了一个研究室的副主任。
虽然清华带给了段永基很多痛苦回忆，但段永基还是对清华有很深厚的感情。2006年6月，段永基应邀在清华大学经济管理学院演讲时就表示，创业需要“自强不息、厚德载物”的清华精神。“在创业的过程中，肯定会遇到困难和挫折，这时候就需要用清华精神来鼓励自己坚持下去，永不言败、永不屈服，自强不息，这样才能走向真正的成功。”段永基说。
段永基还表示，虽然自己在运动中遭受排挤，学业、工作被耽搁了，但在那个特定年代的锻炼，也让他变得坚韧、耐压和沉稳。
从春风得意到几乎跳楼
1984年，中科院的万润南、沈国钧等人向北京市海淀区四季青乡借了2万元钱，创办了四通新技术开发公司。这一年从中科院下海的柳传志也在中关村的一间小房子里，创办了中国科学院技术研究所新技术发展公司，也就是今天的联想。
段永基参与了四通的创建，但由于有多年“无业游民”的经历，他舍不得立刻丢下航天部的“铁饭碗”。然而一年多之后，由于带着研究室里的同事搞创收，却遭受到上级的批评，血气方刚的段永基一气之下离开了研究室，正式加盟四通公司。
段永基在运营四通办公自动化业务期间，他主持生产的打字机系列产品，曾经囊括了当时中国办公自动化市场85%以上的份额，支撑了四通早期每年300%的高速增长，使四通集团在20世纪80年代中后期和90年代初期收入雄踞中关村科技公司的榜首。
1989年，段永基临危受命，全面接管了四通公司，他带领四通公司进行了“二次创业”，四通基本实现了集团化、国际化、产业化和股份化。1993年的段永基可谓春风得意，此时他领导下的四通公司仍然坐在国内电子企业百强的首席上。这一年8月，四通旗下的四通电子(0409.HK)在香港联交所上市，一共发行了1.5亿股股票，募集资金2亿多港币。四通电子是第一家在香港上市的大陆民营IT公司。
然而，好景不长，短暂的辉煌之后，四通很快就陷入了经营的低谷。段永基后来总结说，四通的问题主要出在产品研发上，他们没有找到一个能够给四通带来快速增长和更大贡献的新产品，却在市场定位方面犯了两个错误。
1992年，四通集团一年的净利润达4亿元，段永基开始主动转型，为四通公司寻找新的拳头产品。他们下大气力研发出激光照排技术，并将其产业化，开发出了国内领先的产品。在客户细分上，四通将产品定位为科技书刊出版社，而没有定位为报纸，由于科技书刊出版社当时没有钱购买四通的新产品，于是，这个先进的技术只能胎死腹中，没有走向市场。
1993年，四通开始生产用于增值税系统的收款机。该产品的主要作用一是计费收款，二是开票就自动缴纳增值税，就像飞机的黑匣子，砸烂了，增值税交多少都还有记录。
