这种制度对晋商的发展起了重要作用，但是两权分离中权责利是不对称的，尤其是大掌柜有权有利，但并不承担责任；东家与大掌柜之间是相互信任，以信义为先，且东家有权威，大掌柜真心诚意，这种制度是有效的，但在晋商末期，这些条件不存在或者弱化时，企业就会出问题，这也是衰亡的一个原因。
（2）内部业务运营管理制度，有效防范了风险。
为什么在防止内部人败德行为上，现代银行还比不上票号？
一个企业管理与运行的制度化首先看内部组织架构的设置，组织结构设计的原则是：适应企业业务的需要，而且内部各个部门权力不交叉也不遗漏，每个部门和每个人权责利明确而一致。票号设计者们没有学过现代管理理论，但是理论来源于实践。
总部的分号管理制度，主要是通过统一管理、考核制度和报告制度。
晋商企业实行总分支机构制,总号设在山西本地,分支机构遍布全国各地以至国外。总号对分号实行集中管理,从分号的开立、经营、人员配置、资金、收益等都归总号调度,实行统一制度、统一管理、统一核算、统一资金调度。总号对分号的控制,一是考核制度;二是报告制度。总号对分号的考核,以“结利疲帐定功过”,且以不对它号造成损失为原则,否则给予处罚。报告制度为书面报告与口头报告两种,书面报告有正报、附报、行市、叙事报和年终报告五种,口头报告是每日晚上面报主管、每年两次大掌柜(或委托钦差)巡视时分号掌柜面报、班期回总号面报等。
票号的银行密押制度，规避了作业层的风险，这样一套系统、行之有效的风险控制措施保证了票号与客户双方的利益，在山西票号存在的一百多年的时间里，很少发生汇票骗领事件。
首先，从总号到每个分号，都有专人用毛笔书写汇票，并将书写人的字体报给总号及各个分号，预留备案。这样，所有在号人员都能够根据预留的备案识别真假。如果需要更换书写人员，更换后必须立即将字体报告给总号及各个分号，并预留备案。
其次，汇票写完后，需要加盖印鉴，印鉴正中有人物像，周边刻有小字，以防假冒。同时，汇票的金额、时间均设有暗号。只有票号的人才能识别，持票人不知道，这就是所谓的“认票不认人”。山西票号在经营汇兑的过程中，还创造了以汉字作为汇票签发日期和银两数目代码的暗号，机密度极高。汇票的印刷用麻纸，内加水印，每家票号的用纸、款式、水印都不同，只有各家票号的人才能识别，这样，汇票就很难被伪造。
最后，山西票号还制定了“见票三五日兑付”和兑付后“汇票即焚”制度。这个制度的意思是票号在见票之后，要无偿占用顾客款项3到5天，一方面使票号在见票后有时间准备款项，另一方面也是为了安全保险。对于持有汇票的人，见票即付当然好，但是若是汇票被盗窃或者遗失，来不及挂失就会被取走。而“见票三五日兑付”为持票人挂失腾出了时间，同时“汇票即焚”又做到了票号的绝对保密，维护了票号的信誉。
票号的资金的管理制度，通过分号之间资金余缺调剂、灵活调拨，一方面保证存、放、汇的顺利进行，同时又做到了资金的充分利用。山西票号分号很多，但是由于各个地区经济状况不同，各个票号的现金盈亏、行市好坏亦不相同。有的票号现金盈余，款项放不出去，资金闲置；有的票号现金短缺，利率上升却无款可放。于是，山西票号运用“酌盈济虚、抽疲转快”的方法有效地解决了这一矛盾。
